Yapı, 1924 tarihindeki mübadeleye kadar yöredeki Rum halk tarafından kilise olarak kullanılmış. Mübadele sonrası Rum halk yöreyi terk edince işlevsiz kalmış, yeni yerleşen Müslüman halkın ihtiyaçları doğrultusunda cami olarak işlevlendirilmiş. İlk dönemlerde mevcut çan kulesinin minare olarak kullanıldığı köyün yaşlı sakinlerinden öğrenildi. Daha sonra çan kulesi kaldırılıp, 1956 senesinde bugünkü mevcut betonarme minare inşa edilmiş. Kilisenin batısına inşa edilen modern betonarme cami 1978 senesine tarihlenir. Caminin güneybatı cephesinde yer alan minare 1982 senesinde inşa edilmiş. 1978 senesinde yapılan yeni cami ile mevcut yapının kullanımı azalmış, sadece özel ve kalabalık günlerde açılır olmuştur. Tam senesi bilinmemekle birlikte yaklaşık 2002-2003 senelerinde mekânın bir kısmının depo olarak kullanımını sağlamak amacıyla, ana mekan beton tabliye atılarak ikiye bölünmüş. Zemin kat depo olarak işlevlendirilmiş, üst kat ise yapılan ek bağlantı yapısı ile yeni camiye bağlanmış, ibadet alanı genişletilmiş.
Eserin varlığına ilişkin en eski veri Osmanlı arşivinde yer alıyor
Kilisenin varlığına ilişkin elimizdeki en eski veri Osmanlı arşivinde yer alan Hicri 1308 tarihli ve 95376 numaralı “Çatalça kazasına tabi Boğazköy’ünde bir bab kilise inşası” olarak geçen belgedir. Belgede eski kilisenin eğik ve yıkılmış olduğu anlatılır. Binanın büyük oranda tahrip olması ve artık işlevini yerine getirememesinden dolayı yerine üzerinde 17 pencere ve 3 kapıyı içine alabilecek büyüklükte dört köşe, Ayatiryada adıyla yeni kargir bir kilise inşa edileceği dile getirilmekte. Boğazköy Camisi’ne baktığımızda bu yapının, Tanzimat öncesi döneme ait tipik bir Rum Kilisesi özelliği gösterdiği anlaşılır. Doğu-Batı ekseninde bazilikal plan tipinde, üç nefli bu yapı, mimari özelikleri, tarihi veriler ve günümüzdeki mevcut durumuyla 19. yüzyıla tarihlendirilmekte.
